Desde 1993, APROFE desarrolla un proyecto de planificación familiar y atención primaria de salud en la Isla Puná, una zona con pobreza extrema, analfabetismo y falta de servicios básicos. La destrucción del manglar ha afectado la economía local basada en la pesca artesanal, mientras que la alta mortalidad maternoinfantil y la falta de acceso a salud obligan a los habitantes a viajar a Guayaquil para recibir atención. Con el apoyo del Gobierno de los Países Bajos, APROFE implementó una embarcación médica que brinda atención en medicina general, pediatría, control de embarazo y planificación familiar. Además, el proyecto capacita promotores de salud en higiene y prevención de enfermedades, en coordinación con el Ministerio de Salud.